Sasaran pembangunan Jangka Menengah adalah agenda pembangunan pemerintah daerah tahunan yang menjadi tonggak capaian antara menuju sasaran 5 (lima) tahunan RPJMD. Prioritas pembangunan daerah pada dasarnya meliputi program program unggulan SKPD yang paling tinggi realisasinya bagi tercapainya target sasaran pembangunan daerah tahun rencana. Prioritas pembangunan juga dapat dikategorikan sebagai operasional dari tujuan strategis daerah mendasarkan pada urgensi daya ungkit pada kesejahteraan dan cakupan pembangunannya Ada 14 sasaran daerah : 1. Akuntabilitas kinerja Pemerintah Daerah meningkat 2. Akuntabilitas pengelolaan keuangan daerah meningkat 3. Ketaatan Masyarakat terhadap hukum meningkat 4. Kapasitas Sumber Daya Manusia meningkat 5. Jumlah Penduduk Miskin Menurun 6. Angka Pengangguran menurun 7. Daya saing pariwisata Meningkat 8. Pelestarian budaya berbasis pemberdayaan meningkat 9. Infrastruktur publik wilayah meningkat 10. Pertumbuhan ekonomi daerah meningkat 11. Pendapatan masyarakat meningkat 12. Ketahanan Pangan Meningkat 13. Kualitas sumber daya alam dan lingkungan hidup meningkat 14. Kesiapsiagaan dalam menghadapi bencana meningkat.
Sasaran Pembangunan Jangka Menengah (Sasaran Daerah) 2016-2021
sasaran RPJMD 1. Akuntabilitas kinerja Pemerintah Daerah meningkat
Sasaran pembangunan Kabupaten Gunungkidul Tahun 2016–2021 sasaran 1. Akuntabilitas kinerja Pemerintah Daerah meningkat.xlsx
Akuntabilitas kinerja Pemerintah Daerah adalah perwujudan kewajiban suatu instansi pemerintah untuk mempertanggungjawabkan keberhasilan dan kegagalan pelaksanaan misi organisasi dalam mencapai sasaran dan tujuan yang telah ditetapkan melalui sistem pertanggungjawaban secara periodik.