Jumlah Madrasah Aliyah (MA) yang merupakan sekolah keagamaan jenjang menengah pada pendidikan formal di Indonesia, setara dengan sekolah menengah atas, Pendidikan madrasah tsanawiyah ditempuh dalam waktu 3 tahun, mulai dari kelas 10 sampai kelas 12 yang dimiliki dan atau dikelola oleh lembaga/yayasan swasta namun dalam kondisi belum memenuhi standar penyelenggaraan pendidikan nasional di wilayah Gunungkidul pada tahun berkenaan.